Setelah satu tahun hiatus, shinpachi Shimura kembali ke Edo, hanya untuk dikejutkan dengan sebuah kejadian yang mencengangkan: Gintoki dan Kagura, temannya dari anggota Yorozuya, menjadi karakter yang sangat berbeda! Dia pun akhirnya kabur dari kantor pusat Yorozuya dalam keadaan kebingungan, Shinpachi mengetahui kalau seluruh rakyat Edo mengalami perubahan yang sangat ekstrim, mulai dari penampilan bahkan kepribadiannya. Yang lebih mengagetkan lagi adalah adiknya Otae telah menikah dengan kepala Shinsengumi dan penguntit tak tahu malu, Isou Kondou, dan saat ini telah mengandung anak pertama mereka. Terguncang, Shenpachi memutuskan untuk masuk sebagai anggota Shinsengumi atas desakan otae dan Kondou tapi didalam organisasi ternyata juga telah mengalami perubahan yang sngat ekstrim. Meskipun dia mengetahui kalau Wakil Kepala Toushirou Hijikata tetap tidak mengalami perubahan. Shenpachi dan beberapa anggota dari Shinsengumi yang tidak mengalami perubahan akhirnya membuat rencana untuk mengembalikan kota Edo seperti bagaimana mereka mengingatnya. Hadir dengan lelucon-lelucon yang lebih konyol, Parodi-parodi yang greget, dan referensi-referensi yang tak tahu malu. Gintama’ mengisahkan tentang petualangan tim Yorozuya yang dipenuhi dengan kesialan di kota Edo yang modern dan dipenuhi oleh alien.

Setelah bergabung dengan perlawanan terhadap bakufu, Gintoki dan geng bersembunyi, bersama dengan Katsura dan pemberontak Joui-nya. Yorozuya segera didekati oleh Nobume Imai dan dua anggota Kiheitai, yang menjelaskan bahwa para perompak Harusame telah berbalik melawan Kapten Divisi ke-7 Kamui dan mantan sekutu mereka Takasugi. Kiheitai memberi Gintoki pekerjaan: mencari Takasugi, yang hilang sejak kapalnya disergap dalam serangan Harusame. Nobume juga membuat wahyu yang menakjubkan tentang Tendoushuu, sebuah organisasi rahasia yang menarik banyak faksi, dan pemimpin mereka Utsuro, sosok bayangan dengan kemiripan luar biasa dengan mantan guru Gintoki. Menumpang tumpangan di kapal ruang angkasa Sakamoto, Yorozuya dan Katsura berangkat menuju Rakuyou, planet asal Kagura, tempat berbagai faksi telah berkumpul dan ketegangan mulai muncul. Dendam lama, pertikaian politik, dan rencana menyeluruh Tendoushuu yang menyeramkan akhirnya memuncak menjadi pertempuran besar yang menentukan Rakuyou.

Tidaklah mudah untuk hidup dibawah pemerintahan Jepang pada saat itu… apalagi saat alien berhasil mendarat dan menguasai semuanya!. Bahkan ditambah lagi dengan munculnya kebijakan yang melarang untuk memiliki senjata pedang, yang akhirnya menyebabkan banyak samurai yang berahli profesi untuk mencari pekerjaan lain. Keadaan itu pun, dirasakan oleh salah satu mantan samurai Gintoki Sakata, untuk memenuhi kebutuhan sehari – harinya akhirnya ia membuka jasa freelance, dengan mengambil semua jenis pekerjaan dan menyelesaikannya untuk mendapatkan upah dari hasil kerjanya. Tapi dengan munculnya diskriminasi dari bangsa alien kepada umat manusia dan lemahnya kekuatan shogun untuk melawan invansi bangsa alien tersebut, tentu saja sebagai mantan samurai, jiwa bertarungnya tidak padam begitu saja..

Amanto, alien dari luar angkasa, telah menginvasi Bumi dan mengambil alih Jepang feodal. Akibatnya, pelarangan pedang telah ditetapkan, dan samurai Jepang diperlakukan dengan tidak hormat sebagai konsekuensinya. Namun seorang pria, Gintoki Sakata, masih memiliki hati seorang samurai, meskipun dari kecintaannya pada permen dan bekerja sebagai yorozuya, orang mungkin tidak mengharapkannya. Mendampingi dia dalam pekerjaan jack-of-all-trade adalah Shinpachi Shimura, seorang anak laki-laki dengan kacamata dan hati yang kuat, Kagura dengan payungnya dan perut yang tampaknya tak berdasar, serta Sadaharu, anjing peliharaan mereka yang besar. Tentu saja, pekerjaan sambilan ini tidak selalu sederhana, karena mereka sering berselisih dengan polisi, pemberontak, dan pembunuh, seringkali menimbulkan konsekuensi yang lucu tetapi tidak menguntungkan. Siapa bilang hidup sebagai pesuruh itu mudah? [Ditulis oleh MAL Tulis Ulang]